南山遗址位于三明明溪，在1988年对遗址内3号洞进行第一次试掘时，就发现洞内有厚厚的一层用红烧土铺垫的人类居住层。2005年第二次试掘时，在4号洞内发现了人类居住的遗迹，同时发掘出一件旧石器时代的用水晶石制成的刮削器。令人惊喜的是，在这个洞穴里，还存有大量磨光黑陶碎片，数量之多在福建考古历史上还是第一次，这些碎片从工艺上来说已经属于距今4500～5000年前的新石器时代。同时，在4平方米的探方中，发现了300粒的炭化稻谷和少量果核，这在福建内陆地区尚属首次，为研究稻作起源和传播提供了珍贵的材料。