1960年至1961年，南京博物院在苏南进行考古复查时，发现了该遗址。1972年、1974年、1978年、1985年、1992年南京博物院、常州市博物馆等单位先后五次对该遗址进行发掘，揭露面积共1900.25平方米，清理墓葬191座。遗址原为突出地表的土墩，他的范围在十万平方米以上，因历年取土平整场地和基建工程的破坏，现趋于夷平，大部分在现代建筑之下。

　　　　圩墩遗址是太湖流域西部一处马家浜文化圩墩遗存，文化堆积较丰富。经过五次的考古发掘，文化遗存主要为马家浜文化和崧泽文化两类型。其中马家浜文化地层堆积较厚，延续时间较长。根据出土遗物的特征可分为早、晚两个阶段。崧泽文化地层较薄，仅有墓葬出土。

　　　　圩墩遗址出土遗物以陶器为主，石器、玉器、骨、木器次之，种类简单。陶器多为残片，以夹砂褐陶为主，泥质红陶次之。纹饰以素面为多，少数器物施红衣，常有镂孔、弦纹、凸棱、捺窝、附加堆饰和花边装饰等。

　　　　在圩墩马家浜文化早期遗存中，陶器均为手制，器形主要为釜、罐、豆等。典型器物有宽圜底简形釜、双牛鼻耳罐、敞口小平底厚壁罐、外部遍施红衣的深腹豆。这一阶段使用木器和骨角器，石质生产工具较为少见。木器有镞、耒、橹、桨、插销、陀螺形器等，骨角器有锥、镞、匕、针、管等。晚期陶器多为手制，器形种类明显增多，主要有罐、豆、釜、鼎、杯、壶、盆、碗、盘等。罐的形式多样，且普遍小型化。早期的红衣陶豆消失，取而代之的是泥质灰陶豆，豆盘逐渐变浅。釜由早期的宽沿深腹向窄沿浅腹演变。平底釜、圈足小罐、带把杯、三足盘、圈足碗等都是本期新出现的器物。石器明显增多，除石锛、纺轮等小件外，石斧、石锤等大型生产工具开始出现，而木器和骨角器则相对少见。

　　　　圩墩遗址原始的锄耕农业以种植粮食为主，另一部分生活资料靠打猎、捕鱼和采集野生植物加以补充。在早期阶段，这里的气候较现今温暖湿润，遗址附近植被为常绿阔叶林与落叶阔叶混交林，周围湖沼水网纵横分布，雨水充沛，这样的自然生态环境较为适合动植物的生长繁衍，也具有水稻等农作物生长得天独厚的自然条件。从发掘出土的动物遗骸鉴定主要种类有猪、梅花鹿、四不象、獐、龟、鳖、蚌、螺等。结合同时期地层大量出现的镞、矛、锥、匕等木制和骨制品，证明采集和渔猎在当时的经济生活活动中占有一定比重。1985年发掘第五层出土的炭化稻米，说明圩墩先民们已掌握了原始的水稻栽培技术，稻米已成为当时人们的主要食物来源之一。经鉴定，其中籼稻占72.69%，粳米占27.31%，反映了它们是以籼稻为主的籼粳混合型，完全不同于现代品种的整齐划一，这是原始种稻业的特点。根据圩墩遗址孢粉分析：草木植物孢粉主要是禾本科（其中可能主要是稻）。因此，曾在发掘出土的陶釜底部发现的一层锅巴状炭化物，大概是当时煮饭时残留下来的遗物。

　　　　值得一提的是，木器的普遍使用是圩墩遗址马家浜文化早期阶段的一个显著特征。根据其用途考察，当时木器在农业、狩猎、捕捞、交通以及日常生活等诸多方面广泛应用，成为人们生产和生活中不可或缺的工具。木器制作技术也较为全面，木器加工面切割、坎削较为平整，凿孔的孔型归整，孔壁光滑，行船工具如橹、桨等的器形和功能与现代同类工具颇为相似，说明当时人们制作木质工具已进入比较成熟的时期。另外圩墩遗址还出土过三件残木器，可能为器表涂黑色涂料的原始漆器，它的出现更表明在当时的条件下保护和利用木器的技术已向前迈进了一大步。

　　　　圩墩先民的埋葬习俗从文化遗存的早期阶段开始，氏族内部便有自己的公共墓地。就整个发掘的范围来看，从早到晚都作为氏族公共墓地地使用，总面积应在2万平方米以上。墓葬密集区在20平方米范围内共发现墓葬25座（1972年第一次发掘）。墓葬的方向相当一致，头向都是偏北，早期墓葬头向大多在5。—36。之间，即北稍偏东方向；到晚期阶段，墓葬头向向北或北偏西方向变化。墓葬大多未发现墓坑，仅在第五次考古发掘中发现了一座长方形浅墓坑。可能当时流行将死者置于地面，用土掩埋的墓葬。早期墓葬基本盛行单人俯身直肢葬，随葬品较少。墓葬排列有序，有着比较统一的埋葬习俗。到晚期阶段，墓葬出现仰身直肢葬，分布松散。随葬品明显增多，有生产工具和生活用品，而且在男性墓葬0现了以生产工具和兽骨作为随葬品的现象，说明男子在生产和生活中的社会地位有不同程度的变化。

　　　　圩墩遗址崧泽文化墓葬，人骨架保存情况较差，但随葬品较为丰富，有生产工具、生活用具、装饰品等，其中M122随葬品多达33件。

　　　　圩墩遗址马家浜文化墓葬出土的人骨架，保存情况较好，为太湖流域古人类学研究提供了实物资料。而且据完整头骨的情况看，上颌骨常有拔牙习俗，拔除的齿列基本为正切、侧切两齿。较典型的有：第三次发掘的1个探方内10具骨架7具拔掉正切、侧切两齿，可见当时拔牙成风，为我国史前居民拔牙风俗的研究又增添了一批实物材料。

　　　　圩墩新石器时代遗址居民是太湖流域先民中的一支。考古发掘显示，早期还处于母系氏族制阶段，到晚期逐渐过渡到父系氏族制阶段。分析采集的碳十四年代标本测定的数据，圩墩遗址马家浜文化早期阶段经过碳十四测定的数据中，第三次发掘的T7801③层（树轮校正为距今6210±180年）是最早的一个数值，而这一标本还不是最下层的年代，应该近于早期阶段的上限时间；晚期阶段的下限应该近第二次发掘的T1310层（树轮校正为距今5940±135年），下限时间推算约为距今5900年左右。所以，圩墩遗址马家浜文化遗存的年代跨度约为距今6200—5900年左右。

　　　　圩墩遗址崧泽文化墓葬中的典型器物和器物组合与上海青浦崧泽遗址墓地中层相当，据上海崧泽文化遗址M87和M90的人骨碳十四测定，绝对年代距今5100—5800年之间。因此，推算圩墩遗址崧泽文化年代当在距今约5100年前。

　　　　根据地层堆积和年代测定数据比较，圩墩新石器时代居民在此地生活大约延续了一千多年。在同一时间的太湖周围，如浙江嘉兴、吴兴及上海青浦、苏州的吴县、吴江以及常州其他地区，都已有了与之相似的新石器时代的文化，考古学上称为“马家浜文化”、“崧泽文化”。而圩墩遗址位于太湖流域西北部，为上述考古学文化区系的西缘，与相类似的马家浜文化遗存比较，又显示出一些地域性差异。因此，圩墩遗址对太湖流域原始文化的深入研究，确定常州地区新石器时代文化的分期和发展序列提供了高贵的实物资料。