梅花书院初为嘉靖年间广储门外的湛公书院，雍正十二年（1734）盐商马曰琯独力重建，用今名；首任主事为桐城派文学大师姚鼐。咸丰年间毁于兵火。同治五年（1866）巡盐御史李宗羲移梅花书院于东关街疏理道巷口官房内，同治七年(1868)盐运使丁日昌迁至左卫街(广陵路)今址重建。现存大厅、两幢小楼及长廊，厅堂楠木架构，前沿有卷棚，东侧门上嵌有书法家吴让之“梅花书院”石额，1990年大修并重建砖雕门楼，2010年于旧址建“中国·扬州书院博物馆”。

　　书院是一种私人教育机构。初始于唐代，到宋代渐趋成熟，明清逐渐向官学化发展，到清末改为学堂。扬州书院始于宋代，明清扬州盐业兴盛，盐官、盐商籍其财富资助教育，促进了扬州书院的迅速发展，出现了“东南书院之盛，扬州得其三焉”的盛况。

　　书院博物馆分中国书院简述、扬州书院、扬州书院的历史贡献几部分，着重介绍了梅花书院、安定书院、乐仪书院“三大书院”的光辉历史，以及由两淮盐运衙门兴办的各盐场书院，资助过的钟山、尊经、岳麓书院、湘水校经堂等史实，再现了两淮盐运衙署鼎力兴办书院的盛况。展馆在“扬州书院历史贡献”中，展示了扬州明清进士录、书院状元录以及戴震、蒋士铨、孙星衍等名师和段玉裁、吴引孙、汪中等名学子的亊迹。主展厅中悬挂着康熙“经术造士”匾以及雍正年间梅花书院模型。博物馆后堂恢复建设了“魁星阁”，重塑了文昌帝君与魁星像。

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