寺院坐西朝东，占地约12000多万平方米。正面是山门，门内有钟、鼓二楼，往西寺院的建筑分为三路。中路最前面是天王殿，面阔三间，檩枋彩绘，朱红地仗，殿内供奉着四大天王、弥勒、韦驮的塑像。向西依次为大雄宝殿、比丘坛、藏经楼。

　　大雄宝殿建在高台之上，面阔五间，进深三间，前后出廊，殿内供奉如来三世佛、航海观音、四大菩萨和十八罗汉。比丘坛为单檐歇山前廊式，正脊梁上装有“0常转，国泰民安”的文字砖，殿内供奉释迦牟尼佛像；寺院南路自东向西有退寮居、厨房、司房、斋堂、禅堂、法师寮、佛学院等；北路建筑有养静寮、客堂、念佛堂、方丈室、十方堂库房等。全寺共有房舍135间，建筑面积2995平方米。

　　值得一提的是，有一位僧人曾对慈恩寺产生过重要影响，他的法名函可，号剩人，是明朝礼部尚书韩日缵的儿子，29岁时到罗浮山削发为僧。清军南下时，他目睹人民饱受战乱之苦，个别明朝官僚变节投降，于是写出了一本揭露时事的书《再变记》，此书被清军查出，将他押送京师受审，后被流放到盛京慈恩寺焚修。函可在盛京组织了一个“冰天诗社”，与文人儒士写诗作赋，十分活跃。

　　在盛京城发生疫情时，他率众僧人采药送药，救活了很多人，在百姓的心目中有很高的声望。他于顺治十六年（1660年）在盛京坐化，终年49岁，弟子们在千山璎珞峰为他修建了一座剩人禅师塔。

　　该寺1985年被列为沈阳市级文物保护单位，1988年被列为省级文物保护单位，现为沈阳市佛教协会所在地。