正殿建于石砌台基之上，台基高0.3米。正殿面宽三间，进深四椽，单椽歇山顶。殿内梁架四椽檐栿通搭，后槽位置加了根内柱，栿上承平梁，平梁之上蜀柱、叉手承脊槫，转角铺作由昂之上再施“由昂”的“重由昂”做法，是典型宋代早期做法。柱头不施普拍枋、阑额不出头和斜搭在撩风槫与下平槫结点上的大角梁，仍保存了唐代的手法。四椽袱贯通前后檐外制成华栱；檐下转角处为单杪三下昂，昂嘴均呈长尖琴面状；所有乳栿最终都压在真昂之上。大殿内明间上装有平綦，上面有精美的动物图案，色泽鲜明。

　　碧云寺分上院、中院和下院三部分。碧者，绿也。因庙院内下院有古槐一株，高五丈多，其粗十四人手搭手方可合抱，从春到秋，遮天蔽日，满树碧绿。中院有巨柏五株，挺拔苍翠，终年碧绿。云者，指庙宇建筑结构布局严谨，手法苍古。从远处看，整个庙宇呈繁体的“云”字。正殿为云字头上一横，引路及石阶为雨中之一竖，地藏殿与西厢房为雨左边之一竖，上院矮墙与东边关圣殿与西厢房为雨之横折竖，引路两边之四株巨柏为雨中之四点；中院南边石阶东侧的巨柏为云之一点；中院南边矮墙为云之点下一横；下院西边的送子观音殿与舞台与耳房为云之横下之撇折；庙门为云之最后一点。这就组成了一个完整的繁体“云”字，定睛看着这独具匠心的创造，我为我们古代先辈的独特创造赞叹不已。

　　碧云寺上院有正殿三间，为木质结构，单檐歇山式屋顶，开间较大，出檐深远，檐下斗拱疏朗，规制严谨，角柱升起，檐角翘起缓和，给人以雄壮稳定之感。四椽袱贯通前后檐外制成华拱，梁架结构规整紧凑。正殿内正中为地藏菩萨像，慈眉善目，凝视远方。西边为老子，东边为孔子，又称“三教堂”。东西神台上立着十八罗汉像。西南角上有一和尚像，传说是建庙老僧的包骨像。正殿顶棚绘有壁画，隐约可辨“喜鹊登梅”、“麒麟献瑞”、“龙凤呈祥”、“百花争春”，线条流畅，庄重典雅，神形兼备，技艺高超，笔画传神，给后人留下了五代时期社会的审美观念，体现了它珍贵的历史价值。